自學考試考生自通過本科畢業(yè)論文的登記審核，即進入到畢業(yè)論文的寫作程序當中來。在進行登記時，會告訴每個專業(yè)的考生，在規(guī)定的時間去指定的地點聽論文的講座。在講座上，高校主管該專業(yè)論文的老師會和大家見面，并根據大家的選題方向，將考生分配到有關的教研室，然后由教研室具體指派導師。

論文答辯的程序基本由三項組成：首先考生簡單地闡述論文的寫作動機、內容梗概和基本的觀點；然后答辯小組成員就考生論文內容進行提問；如果答辯小組認為必要，還會對涉及論文的專業(yè)范圍內的其他問題加以提問。這些提問都需要考生認真加以回答，并會影響到考生的論文成績。考生通過論文答辯后，其本科論文即告完成。如果順利通過，考生就應該準備本科畢業(yè)了。