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Y染色體上有59373566bp的核苷酸,其中95%為非重組區(qū)域。該區(qū)域的遺傳多態(tài)性位點構(gòu)成了整個基因組范圍內(nèi)信息量最大、最穩(wěn)定的單體型,反應男性個體間獨特的遺傳進化關系。在司法鑒定領域,用Y-STR可以直接確定男女混合斑中男性的Y單體型,而無需分離提取DNA,這使檢測工作不僅簡單而且非常有效。在Y-STR分型結(jié)果中額外基因的出現(xiàn)通常解釋為多個體的混合物。本次研究意在探究更多的Y-STR遺傳信息,為法醫(yī)學鑒定提供依據(jù)。在研究中發(fā)現(xiàn)了11個標本的Y-STR存在異常分型結(jié)果,包括STR位點出現(xiàn)額外基因或基因缺失,報道如下。
1材料與方法
1.1研究對象
本實驗室2010-2014年親子鑒定案例。選擇孩子為男性的案例,分成2組:“排除父子關系”的為1組,共49例,98個標本;“支持父子關系”的為1組,共252例,509個標本,其中有1家為3子,有3家為2子。除1家為壯族,其余均為漢族。從籍貫上分大部分為南方漢族。
1.2試劑與儀器
Chelex100(美國SIGMA,批號:SLBG4989V);AmpFlSTRYfilerTM試劑盒(美國AppliedBiosystems,批號:1405114);LIZ500(美國AppliedBiosystems,批號:1203321);PowerPlexY23system試劑盒(美國Promega公司,批號:0000144994);CC5ILS500(美國Promega公司,批號:0000130455);Hidi(美國AppliedBiosystems,批號:1209224);電泳緩沖液10хbuffer(美國AppliedBiosystems,批號:1306423);POP-4凝膠(美國AppliedBiosystems,批號:1406151)。PCR擴增儀(9700,美國GeneCompanyLimited);3130xlGeneticAnalyzer(美國AppliedBiosystems)。
1.3方法
1.3.1提取DNA采用Chelex方法,從外周抗凝血中提取DNA。
1.3.2PCR擴增使用AmpFlSTRYfilerTM試劑盒對Y染色體上的16個STR位點進行復合擴增,。
1.3.3PCR產(chǎn)物的電泳分析PCR產(chǎn)物通過ABI3130XL型測序儀電泳,毛細管長度為36cm,進樣時間15s,進樣電壓1.5kv,PCR產(chǎn)物用量1.0μL,生成的數(shù)據(jù)文件用GeneMapperID-X軟件分析(AppliedBiosystems,版本號:1.4)。
1.3.4重復驗證分析結(jié)果中獲得的異;蛐褪褂肞owerPlexY23system試劑盒進行重復驗證。
1.4異;蛐桶l(fā)生率的計算“支持父子關系”的1組以案例數(shù)計算(252例);“排除父子關系”的1組視為隨機人群,以標本數(shù)計算(98個)。
2結(jié)果
2.1單體型和基因突變另文報道。
2.2異;蛐蛨D譜在“支持父子關系”的1組標本中,除了單個基因的一步突變以外,有9個標本出現(xiàn)了異;蛐蛨D譜。第1對父子,其DYS385基因座為三帶型圖譜(13,14,18),其峰高比例約為1∶1∶2;第2對父子,其DYS385基因座為四帶型圖譜(13,17,18,20),其峰高比例約為2∶1∶1∶1;第3對父子,其DYS385基因座為四帶型圖譜(13,18,19,21),其峰高比例約為2∶1∶1∶1;第4對父子,其DYS439基因座為雙基因圖譜(12,13),其峰高比例約為1∶1;第5對父子中兒子的DYS389Ⅱ基因座為雙基因圖譜(28,29),其峰高比例約為1∶1,而其父該基因座的圖譜正常,為單基因(28)。
2.3基因缺失的STR基因型圖譜在“排除父子關系”的1組標本中有2個標本均在DYS448基因座發(fā)生了基因缺失。
2.4單基因座中出現(xiàn)多個基因和基因缺失的發(fā)生率分別為1.4%(5/350)、0.57%(2/350)。
2.5異;蛐偷闹貜万炞C圖譜。
3討論
短串聯(lián)重復序列(Shorttandemrepeat,STR),由2-6個堿基構(gòu)成核心序列,呈串聯(lián)重復排列,因個體間重復次數(shù)不同而形成高度多態(tài)性。由于Y染色體在減數(shù)分裂時不與其它染色體發(fā)生重組,因此普通的Y-STR基因座呈連鎖遺傳,1個標本的某個基因座的分型結(jié)果只有1個基因(1條譜帶)。在司法領域中,用Y-STRs確認男女混合斑中男性的DNA非常方便而有效,可以直接確定Y單體型而無需分離提取DNA。在Y-STR中額外基因的出現(xiàn)通常解釋為多個體的混合物,因而在輪奸案中Y-STRs通常用于確定參與者的數(shù)量。
本文報道了9個標本的某個Y-STR基因座出現(xiàn)多個基因的異常分型結(jié)果。出現(xiàn)雙基因的基因座有DYS439、DYS389Ⅱ;出現(xiàn)三帶型和四帶型的基因座為DYS385。國內(nèi)亦有文獻報道,在公安系統(tǒng)日常積累的標本中檢測到3例DYS385出現(xiàn)三帶型,而四帶型未見報道。DYS439、DYS389Ⅱ基因座出現(xiàn)雙基因在國外有報道,國內(nèi)未見。DYS385具有較好的遺傳多態(tài)性,也是1個很特殊的基因座,在常用的Y-STR基因座中只有它通常檢測到2類結(jié)果——單基因型或雙基因型。這是因為DYS385在Y染色體上有1個重復區(qū)域,序列分析顯示除了點突變以外,這2個片段的側(cè)翼區(qū)序列和重復單位沒有系統(tǒng)差異,差別僅在于重復單位的數(shù)量。2個區(qū)域重復單位的數(shù)量相同時,我們檢測到的是單基因;若重復單位的數(shù)量不同時即會檢測到雙基因。
此次研究中除去DYS385顯示異;蛐偷臉吮就,該座位雙基因型與單基因型的比例約為43∶7(“支持父子關系”1組以案例數(shù)計算)。本文報道的3對父子除了DYS385基因座以外,其它15個Y-STRs基因座的檢測結(jié)果均正常。3對父子的DYS385基因座檢出三帶型或四帶型,可能是在減數(shù)分裂中染色體發(fā)生變異,增加了1段、2段甚至3段重復序列,導致DYS385的1對引物可以和3個、4個或5個基因座結(jié)合。DYS385基因座中都有1個基因峰的峰高約是其它基因峰峰高的兩倍,這有可能是兩個重復區(qū)域中串聯(lián)重復序列的重復數(shù)量相同而產(chǎn)生的疊加效應。從文中3對父子的情況看,這種變異可以穩(wěn)定遺傳。本文報道了3個標本分別在DYS439、DYS389Ⅱ基因座出現(xiàn)雙基因。這個觀察結(jié)果最好的解釋就是存在片段重復,從而使PCR引物與重復序列發(fā)生結(jié)合所致。DYS439、DYS389Ⅱ這兩個基因座位于Y染色體的同一區(qū)域———無精子癥因子a(AZFa)區(qū)域,該區(qū)域有780kb,包含9個已知的常用Y-STR基因座。Bosch和Jobling描述AZFa重復是作為兩個10kb的人內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒因子(HERVs)側(cè)翼區(qū)域間重組的互惠產(chǎn)物。由于我們所用的STR檢測方法不是確切地定量,在實際工作中對于增加的相對峰高難以確定,致使重復的區(qū)域中若STR核心序列的拷貝數(shù)相同,則難以確定重復的存在。這可能是雙基因或多基因罕見報道的原因。
此次研究中發(fā)現(xiàn)有2個標本均在DYS448基因座發(fā)生基因缺失;蛉笔,往往考慮DNA模板降解所致。但在該標本中片段大小相近的座位(DYS389Ⅱ、DYS385、DYS392)均得到很好的擴增,這說明標本發(fā)生的分型缺失并非模板DNA降解所引起。PowerPlexY23system試劑的重復實驗也證實了這點。基因缺失最可能的原因是Y染色體上該區(qū)域的序列發(fā)生了基因突變或基因轉(zhuǎn)換,導致引物結(jié)合位置序列發(fā)生了改變。這需要重新設計引物測定該區(qū)域序列來研究證實。吳微微等報道基因分型缺失的發(fā)生頻率為0.518%,在4477個標本中DYS458缺失發(fā)生1次,DYS456缺失出現(xiàn)了37次。未見DYS448發(fā)生缺失的報道。我們此次研究的基因分型缺失的發(fā)生頻率為0.57%,與文獻報道數(shù)據(jù)接近。
綜上所述,Y-STR某基因座出現(xiàn)多基因與常染色體STR的三帶型在發(fā)生機理上完全不同,它只是1個重復事件導致的結(jié)果。M.Diederiche等報道了更為罕見的案例,1位巴西的男性在16個Y-STRs中DYS437、DYS439、DYS389Ⅱ3個基因座均出現(xiàn)雙基因。因此,在法醫(yī)學鑒定中,雙基因的存在是否意味著多個男性個體的DNA混合,需慎重地結(jié)合更多的Y-STR基因座結(jié)果來綜合分析。
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