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基因測序

十年前好萊塢的科幻電影《千鈞一發(fā)》,想象了一個“基因決定命運”的世界,多數(shù)人一出生就會擁有一份基因檢測報告,上面有一系列的數(shù)據(jù),關(guān)于智商、疾病乃至壽命,F(xiàn)在看來,這部科幻片已經(jīng)向現(xiàn)實邁進。在過去的一年里,我的工作是在生物技術(shù)公司研發(fā)新的基因測序技術(shù)。這些技術(shù)可以用來作為健康檢測和指導(dǎo)用藥的依據(jù);驕y序是一個近10年來蓬勃發(fā)展的高技術(shù)醫(yī)學領(lǐng)域,它的飛速發(fā)展已經(jīng)給人們的生活帶來了很多便利。每當有朋友問我你是做什么的時候,我就會拿出同一個故事跟他們講述:你知道安吉麗娜·朱莉吧?安吉麗娜做了一件很大膽的事情。因為她的家族有非常高比率的乳腺癌和卵巢癌史,她的媽媽和姨媽好幾個人都是因為癌癥,很年輕就過世了。于是她去醫(yī)院做了個人的基因檢測,醫(yī)生說她的關(guān)鍵基因帶有突變,使她罹患卵巢癌的幾率為50%,乳腺癌幾率高達87%。她于是做了防范性的雙側(cè)乳房切除及再造手術(shù),從而降低自己的乳腺癌風險。雖然做切除手術(shù)的必要性在醫(yī)學界還存在爭議,但是作為大明星的她確實幫助基因測序打了特別好的一個廣告。

基因是健康的編碼

基因這個專業(yè)名詞大家并不陌生。基因和基因的表達決定了你成為獨一無二的你;虻耐蛔兒湾e誤表達也成了很多疾病和癌癥發(fā)生的原因。但是人們怎么知道自己的基因是不是正常呢?這就要借助基因檢測技術(shù)。

基因檢測就好像是計算機讀碼。計算機是由0和1的組合編碼的,通過讀取這些編碼,計算機能夠記錄世間幾乎所有的信息;蛞彩蔷幋a的,不過是由A,C,T,G這四個字母(四種核酸)編碼的。這些編碼存在于幾乎所有的生物中,是大自然的產(chǎn)物。從微生物,植物,低等動物到人類都享用同樣的編碼。這些編碼組成的信息量太大,在基因檢測技術(shù)發(fā)明以前對于人類就相當于天書。人類基因組計劃都是全世界的科學家一起做了10年才完成的。近年來新技術(shù)的發(fā)展使得全基因檢測技術(shù)的成本飛速下降,才使得針對個人的商業(yè)基因檢測成為可能。

個人可以做基因測序來了解自己的基因組構(gòu)成。了解自己的基因組有什么好處呢?第一,可以了解自己患相關(guān)疾病的概率(注意,必須在專業(yè)遺傳咨詢師和醫(yī)生指導(dǎo)下);第二,可以更好地了解什么樣的生活方式和飲食習慣更適合自己,所謂個性化健康指導(dǎo)。

例如充足睡眠也是保持健康的重要部分,不僅能讓你保持精力充沛,還能幫助減肥?墒敲總人對于睡眠的需求度都是不同的,這和人體的生物鐘基因有關(guān)。人體的生物鐘基因是個大家族,有幾百個之多。生物學家通過大規(guī)模人群調(diào)查發(fā)現(xiàn),有十幾個生物鐘基因的表達可以區(qū)分你更適合早起的作息還是夜貓子的作息,或者你每天需要多少個小時的睡眠。認識了你自己的基因之后,還能讓你更加了解怎樣更好的選擇生活作息。

一口吐沫就能得到的基因報告

那么大家都在談?wù)摰膫人基因測序都能檢測些什么呢?可以拿23andme跟大家舉個例子。

23andme是美國的一家提供個人基因檢測分析的公司。前兩年因為它出售的基因疾病風險分析服務(wù)不符合美國相應(yīng)標準被FDA禁止測序服務(wù)兩年。2015年他們又重新開放,提供修訂后的多種個性化基因組服務(wù)。用他們的服務(wù)檢測非常簡單,你只需要向他們提供的試管里吐一口吐沫,然后封裝寄回實驗室,等待40天左右你就能收到一份針對你個人獨一無二的基因報告。

報告包括哪些內(nèi)容呢?主要分為健康分析和祖源分析兩部分。首先,他提供健康分析。細分為疾病風險,用藥反應(yīng),遺傳狀況,個人體征和健康觀測(這一部分服務(wù)因為之前相關(guān)的管理辦法沒有完善而在美國被FDA禁止了)。疾病風險主要是通過分析你的基因而預(yù)測個人患疾病的風險。風險分為高風險,低風險和正常風險,是通過和人群大數(shù)據(jù)平均值比對得出的。也就是說,會告訴你,你比大部分人得某種病的風險要高20%,或多1-2倍風險之類。注意,這并不是說你一定會得這些病,只是多會比大部分人更容易得而已。報告囊括100多種常見遺傳疾病,比如糖尿病,帕金森,阿爾茲海默,肥胖癥,乳糖不耐,多種癌癥等等。

藥物反應(yīng)提供個體對多種常見藥物的反應(yīng)。由于個體代謝和藥物吸收響應(yīng)的不同,個人對藥物的反應(yīng)也會有區(qū)別。通過檢測個體基因而選擇使用最適合的藥物,也正是personalizedmedicine的核心。遺傳疾病分析提供個人患多種遺傳疾病的風險。很多疾病會顯示你只是“carrier”攜帶者,也就是說只有當你的兩條同源基因都攜帶該變異才會顯示疾病。這其中就包括安吉麗娜攜帶的BRCA乳腺癌基因等等。

最后個人體征分析也十分有意思。你的基因表達決定了你的外貌特征,比如藍眼睛,雙眼皮,卷發(fā),多毛皮膚,高個子,喝酒臉紅反應(yīng)等等;驒z測報告也可以提供此類的證據(jù)。比如通過基因檢測報告,你知道了自己缺少代謝酒精的酶,所以一喝酒就會臉紅。

另外一項報告就是祖源分析報告。首先你能知道你的祖先構(gòu)成。比如,通常情況下,你會發(fā)現(xiàn)你是中國人(比如,99.9%東亞血統(tǒng),96.8%中國人)。可能你還帶有0.1%的歐洲血統(tǒng)(一般來說并不知道為什么)?赡苓有<0.1%不知道是什么的血統(tǒng)。這部分分析對于大部分中國人來說沒什么意思,但是對于血統(tǒng)復(fù)雜的美國人來說就比較有趣。

另外你還能看到你的DNA中有多少原始人的基因。比如你和原始人尼安德特人共享2.6%的基因之類。你還能看到你的祖先大概是從地球的哪一個區(qū)域遷徙過來的。

最后,如果數(shù)據(jù)庫中有你的遠方親戚之類,他們也會報告給你,并附上聯(lián)系方式,方便你重新和丟失的家人取得聯(lián)系。

總之,現(xiàn)在的23andme提供的報告娛樂性多于科學性。還有其他許多基因測序公司也都能提供大同小異的分析報告?梢灶A(yù)見,不久的將來,個人的基因檢測服務(wù)將越來越被普及和接受。但是,如何去正確的分析,閱讀這些基因組成的天書,如何正確的監(jiān)管這些信息,還是有很長的路要走的。下面就給大家介紹一些有意思的,可以用作健康指導(dǎo)的基因。

代謝相關(guān)基因:肥胖和易瘦

目前已知的與人的食欲及體重調(diào)節(jié)有關(guān)的基因有大約10個,比如FTO基因。他們大都參與了瘦蛋白(leptin)這一蛋白的調(diào)節(jié)過程。瘦蛋白由脂肪細胞分泌,會影響人的食欲調(diào)節(jié),調(diào)節(jié)飽腹感和進食幸福感。也就是說,當你的身體脂肪量高時,身體會自動提高瘦蛋白的表達,產(chǎn)生抑制食欲的作用;而脂肪含量低時,則會提高食欲從而增加能量攝入。當這一自然反饋機制不強健時,就容易產(chǎn)生嗜食和肥胖。通過基因測試可以了解個體中這幾個相關(guān)基因的相對表達量(反饋機制是否強健),從而提供肥胖風險分析。對于運動員和想要健身減肥的人群來說,了解身體如何代謝能量是非常關(guān)鍵的。因為個體對于脂肪,蛋白質(zhì),或是淀粉類的利用率或是喜好程度不同,會使得各個人對于“低脂low-fat”或“低碳水化合物low-carb”的減肥食譜有不同的效果。比如APOE基因。APOE基因決定你的身體如何代謝碳水化合物和脂肪,攜帶某種APOE變體的人會從食物中選擇性的多吸收和合成脂肪,因此選擇低脂食譜對于減肥會更加有效。

除了能量之外,對人體至關(guān)重要的營養(yǎng)物質(zhì)還有維生素和必需的礦物質(zhì)。很多重要的基因參與了這些物質(zhì)的吸收,分解,儲存的過程,而每個人對這些基因的表達由于遺傳組成不同也是不同的。營養(yǎng)學家給出的攝入建議一般是針對整個人群的平均值,而個體基因測序則可以精確地告訴你,你需要比平均值多攝入或是少攝入這些營養(yǎng)物質(zhì)。

比如,一個叫VDR的基因編碼了維生素D的受體蛋白,這會決定鈣的吸收和在骨骼中的儲存和流失速度。VDR表達不足的人群會增加骨質(zhì)疏松的風險。MTHFR基因表達不足的人群對葉酸吸收不利,這類女性在懷孕期間更要注意補充葉酸攝入。HFE和TMPRSS6基因決定鐵元素的吸收能力,表達不足會增加缺鐵性貧血風險。AGT基因影響血壓對鹽分的敏感程度,AGT基因變異則更應(yīng)該控制鹽分攝入以防止高血壓,等等。

耐受和過敏相關(guān)基因

我們生活中常常說誰誰是過敏體質(zhì),雖然不夠精準,卻反映了我們的身體對某一類物質(zhì)是不接受的,譬如乳糖、酒精、咖啡因等等。

中國人很多人不能喝牛奶,一喝牛奶就脹氣或者拉肚子(不是過期的牛奶)。這就是乳糖不耐。牛奶中的乳糖需要專門的乳糖酶來降解,而很大一部分亞洲人在這個酶的基因MCM6上有變異,缺少該酶的表達。所以當?shù)弥约喝樘遣荒蜁r,可以改為食用豆?jié){類產(chǎn)品,和脫乳糖牛奶等。

如果你喝酒臉紅,那么說明你缺少代謝酒精的一種酶ALDH2。后果是你喝酒會更容易被酒精的代謝中間產(chǎn)物乙醛所“毒害”,所以應(yīng)該減少酒精攝入?茖W研究表明咖啡對心血管健康和體重控制都是有好處的?墒菍τ诳Х纫蛎舾械娜巳簛碚f卻會副作用大于收益。咖啡因敏感的人群因為缺少降解咖啡因的酶的基因CYP1A2的表達,使得咖啡因在體內(nèi)長時間累積,會產(chǎn)生頭痛,心跳過速,失眠等一系列不良反應(yīng)。

麩質(zhì)(Gluten)是麥類食物中常見的一種成分。有的人的身體會把麩質(zhì)作為一種過敏原,產(chǎn)生抗體免疫反應(yīng),產(chǎn)生嚴重的健康后果。一部分麩質(zhì)過敏是遺傳性的,可以通過基因檢測得出風險。在醫(yī)生確診的情況下,會建議病人改為無麩質(zhì)(gluten-free)的飲食。

基因檢測的結(jié)果靠譜嗎

既然基因檢測有上述多種好處,為什么前文提到的23andme公司的疾病分析會被叫停?

23andme提供的疾病風險分析在美國是被FDA暫停了的。原因并不是技術(shù)不成熟,而是如何準確的解讀存在爭議。多數(shù)基因報告提供的是“風險分析”,而風險這件事情應(yīng)該如何解讀,還沒有醫(yī)學和法規(guī)方面的定論。首先,風險分析是基于大數(shù)據(jù)基礎(chǔ)上的分析,在數(shù)據(jù)庫量不足夠大時,得到的很有可能僅僅是一個定量的數(shù)字(高10%風險),而無法定性(是否致病),因此不能夠當做醫(yī)學依據(jù)。

此外,每家公司由于使用的具體技術(shù)不同(微芯片或是二代測序),得到的定量數(shù)字也會有細微差別,加上每家公司的數(shù)據(jù)庫組成也不同,分析結(jié)果很有可能會有出入,所以存在監(jiān)管的問題。最后,疾病本身的復(fù)雜性決定,很多疾病的患病風險,除了自身基因以外,還有非常重要的環(huán)境因素,所以單由基因來決定疾病的風險也是不負責任的。綜合這些原因,美國FDA叫停了這類疾病風險分析服務(wù)。

作為個人,如何對待“風險分析”的結(jié)果是見仁見智的事情。有些人希望了解,從而提前預(yù)防,有些人覺得哪怕知道了風險也不會改變自己的生活方式。(實際上有最新的調(diào)查表明,后者的情況更加普遍)?墒牵艺J為科學進步的意義就在于,多提供了一種工具,一種選擇,讓人們可以對自己更加了解.


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